Témoignage UTC - AI for Health - Projets collaboratifs autour de la donnée : L'exemple de PHOENIX

Projets collaboratifs autour de la donnée : L'exemple de PHOENIX

 Le 16 Novembre 2022, s'est déroulée la 5ème édition de l'AI for Health Summit.

Plus de 1600 participants ont répondu présents, 37 exposants, 200 startups et des dizaines de conférences et tables rondes traitant le sujet de la data et l'IA autour de 6 thématiques principales : 

• Les flux de données.

• L'ecosystème innovant.

• Les réglementations et la gouvernance des données.

• L'IA dans le diagnostic et le traitement des maladies.

• L'IA dans la recherche et les essais cliniques.

• Le futur de l'IA pour la santé.

Si l'absence de la donnée prête à exploiter a toujours représenté un des plus grands enjeux de l'IA, les professionnels et les institutions ont mis en œuvre plusieurs solutions pour remédier à cette problématique, le sommet était une occasion idéale pour présenter ce qui a été effectué et lancer les appels à projets afin de permettre aux startups spécialistes de l'IA d'exploiter des jeux de données.

Le sujet était mis en avant lors de la conférence “accélérer le développement de projets collaboratifs autour de la donnée”.

La première partie de la conférence était dédiée à la présentation du projet PHOENIX lancé par MEDICEN pour la création de guichets de partage de données. Ce projet vise à cartographier les process et les verrous autour du partage et de la valorisation des données de santé avec trois partenaires : Hôpital Foch, Institut Pasteur et Roche Pharma.

Ce projet consiste à : 

• La publication d’un livre blanc recensant les bonnes pratiques dans ce domaine.

• La mise en place de guichets de partage de données

• Un appel à projets sur les jeux de données définis

La publication d’un livre blanc recensant les bonnes pratiques dans ce domaine

Pour favoriser les collaborations, des ateliers des trois partenaires ont cartographié les processus actuels de constructions de jeux de données de leurs institutions, identifié les verrous et désigné les guichets, toutes ces opérations ont été documentées sur un livre blanc téléchargeable ici .

La mise en place de guichets de partage de données

Pour la présentation des guichets de partage de données, les trois speakers représentants les trois partenaires se sont succédés sur scène.

Institut pasteur : Mme Linda NAIT de l'institut pasteur a présenté le jeu de données et a exprimé la volonté de l'Institut de créer de la valeur autour de la donnée de santé auprès de tous ceux qui génèrent et analysent la donnée. Ces acteurs sont présents au sein de l'institut Pasteur à travers les chercheurs ayant des expertises scientifiques diverses.

Le jeu de données proposé par l'Institut Pasteur est issu du projet milieu intérieur autour la méthylation de l'ADN afin d'étudier les facteurs génétiques et environnementaux contribuant à la variabilité des réponses immunitaires. Les données de méthylation de l'ADN sont des données marqueurs qui marquent l'identité de la cellule qu'elle soit immunitaire, neuronale, musculaire... La méthylation change beaucoup au cours de notre vie suivant différents facteurs. Avec ces données, il est possible de déduire beaucoup d'informations sur l'âge biologique, les habitudes, l'exposition à la violence. Les données concernent un échantillon de 1000 volontaires. Ce qui permet de développer beaucoup de modèles prédictifs à partir de ces données à télécharger ici.

Hopital Foch : Dr Perrine CREQUIT de l'hôpital Foch a présenté le guichet de données de l'hôpital Foch. Ces données collectées entre 2018 et 2022 représentent un échantillon de 49000 patients, 40 variables, 1.3 Millions de lignes de pathologies associées, 55 Millions de lignes de monitoring.

Ce jeu de données concerne des données collectées principalement lors de l'anesthésie qui est un moment clé. En effet, cela permet d'accéder aux données d'antécédents, de consultations pré-anesthésiques, données du bloc et données à la sortie de l'acte chirurgical. A l'issue de la collecte, un travail de deux mois est nécessaire pour anonymiser, standardiser et nettoyer les données pour que ces données soient exploitables. Pour son data challenge, l'hôpital Foch propose un jeu de données synthétique pour entrainer les modèles avant de permettre aux startups d'accéder aux données réelles.

Roche Pharma : L'entreprise Roche Pharma présente deux jeux de données, le premier est un jeu de données observationnel sur des patients atteint de cancer de sein traités par Herceptin, ce jeu est issu d'un échantillon composé de 450 patients et 70 variables.

Le deuxième est un échantillon de 7800 patients entre 2020 et 2021 et concerne l'étude Accès précoce RONAPREVE, le résultat d'une étude sur les patients à haut risque de développer une forme grave de covid-19.

Les deux jeux de données sont téléchargeables sur ce lien.

Un appel à projets sur les jeux de données définis :

Un appel à projets est lancé par la région Ile de France ce qui permettra de tirer profit de ces données et de fournir des études performantes basées sur des données réelles . L'IA pourra accélérer le progrès de la recherche pour la santé et chacun de nous pourra donc contribuer à cette évolution.

Wiam I.